氮氣發生器的工作原理是分離空氣，電解膜的負極側發生氧化反應，吃掉空氣中的氧化性氣體，在正極側還原，空氣流過電解池后就只剩下氮氣和惰性氣體，故國內發生器的純度大多標有“相對含氧量”，氮氣的純度和空氣流速，有效分解面的長度，電解電勢的強弱都有關系，這種分離方法也決定了氮氣的純度不可能做的很高。加入電解質的作用就是提高水的導電率，使電化學反應能順利進行。
發生器對色譜的影響有一點常常被忽略，就是發生器內的開關電源工作事會對電網電壓造成一定的干擾（壓縮機的啟動和停止也會），所以色譜儀必須經過穩壓電源供電，當然不用穩壓電源的用戶極少。
對色譜來說，發生器產生了氮氣后，還需要脫水、脫氧（加脫水脫氧管），否則會損害ECD檢測器。
對質譜來說，國內的氮氣發生器都無法達到很高的流量，所以，現在很多人都還使用液氮罐，來支持液質聯用需要的氮氣流量。
值得提醒的一點是：該儀器只能在實驗室內或實驗室外很近的位置采集空氣作為氣源，而實驗室內空氣經常是受到污染的，其中的有機溶劑含量因為實驗前處理過程等原因（此外GC的洗針溶劑揮發，液相的流動相揮發）不可避免的超標。
氮氣發生設備的標稱純度也不過98%，和鋼瓶氮氣的純度沒法比。所以尤其是國產的在色譜實驗中是個雞肋型的產品，其純度無法達到GC分析的要求。
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